Fiumi
I fiumi interamente molisani non superano la soglia dei 90 km di lunghezza e nascono quasi tutti dal Matese nell'occidente, per poi sfociare nelle coste adriatiche. Il fiume principale del Molise è il Biferno, il più lungo (85 km) e col bacino idrografico più grande della piccola regione. Nasce come quasi tutti i fiumi o torrenti molisani dal Matese e sfocia in un piccolo delta nell'Adriatico

immettendogli detriti. Il Trigno è il secondo fiume per lunghezza del Molise (84 km) e anch'esso sfocia nell'Adriatico così come il Fortore altro piccolo fiume molisano sfociante nella parte pugliese del mare interno del Mar Mediterraneo. Altro discorso lo meritano i fiumi che attraversano il Molise, ovvero che nascono e sfociano in altre regioni come il Sangro o il Volturno che è il più importante fiume del Mezzogiorno passante per un breve tratto in Molise. I pochi fiumi che attraversano la regione sono brevi e a carattere torrentizio. Il principale è il Biferno, che è stato sbarrato da una diga per creare il lago artificiale di Guardialfiera, molto importante per la produzione di energia idroelettrica.
Laghi
Il Molise non è ricco di laghi, infatti sulla superficie della regione ne sono presenti solamente tre, il Lago di Occhito, il lago di Guardialfiera e il lago di Castel San Vincenzo (IS), anch'esso molto esteso.