La tradizione vuole che Agnone sia sorta sulle rovine della città sannitica Aquilonia distrutta dai Romani durante la conquista del Sannio. Fu un importante centro durante la dominazione longobarda, andò poi decadendo nei secoli immediatamente precedenti il 1000. L'importanza di Agnone andò crescendo nel periodo angioino e anche in quello aragonese, però.
Appartenente da sempre all'Abruzzo Citeriore, quando il Re Giuseppe Bonaparte (fratello di Napoleone) decise di creare la Regione Molise(1806), Agnone fu lasciata nell'Abruzzo. Ma durante il regno di Gioacchino Murat, i maggiorenti del luogo chiesero e ottennero il passaggio al Molise. L'Italia unita, del resto, riunificando l'Abruzzo e il Molise in un'unica regione, rese di fatto superato questo problema.
Durante il Regime fascista, Agnone fu sede di confino per numerosi oppositori del regime, tra cui don Raimondo Viale, protagonista de ''Il prete giusto'' di Nuto Revelli.
Agnone è un piccolo paese situato nella parte nord del Molise, in provincia di Isernia. Agnone si trova a circa 800 m di altezza rispetto al livello del mare, questo paese è circondato da un paesaggio montuoso, immerso nel verde delle grandi foreste, nelle quali possiamo trovare dei piccoli torrenti che rendono il paesaggio ancora più affascinante
L'ultima crescita demografica, Agnone la ebbe negli anni quaranta, per poi subire una continua diminuzione dagli anni cinquanta ad oggi. Gli ultimi decenni hanno visto Agnone sviluppare una cultura turistica moderna e articolata, con la diffusione degli sport equestri, la creazione di numerosi centri di agriturismo, la costruzione di piscine, l'ospitalità di eventi di spettacolo e di studio. Fiorente per ampiezza dell'agro e per numero e volume di imprese artigiane, Agnone poté sviluppare, nel corso dell'800, un alto numero di menti colte: medici, filosofi, giuristi, teologi, da cui le venne il nome onorifico di ''Atene del Sannio''.
Non meno interessante è l'architettura civile del paese: il centro storico è di chiaro stampo veneziano, infatti avventurandosi lungo le stradine del borgo antico ci si imbatte di frequente nelle caratteristiche botteghe veneziane e in piccole statue di pietra raffiguranti, per l'appunto, leoni veneziani. Interessante è la piazza principale del centro storico, piazza Plebiscito, anticamente detta piazza del Tomolo, nella quale confluiscono sette strade che partono da altrettante altre zone del borgo antico e che ospita una caratteristica fontana marmorea risalente al 1881.
Il 24 dicembre ad Agnone si svolge la 'Ndocciata', il più grande rito di fuoco che si conosca: è una sfilata di migliaia di enormi fiaccole costruite artigianalmente. Dal 2000 tale evento si svolge stabilmente anche il giorno dell'Immacolata Concezione. Questa tradizione, che probabilmente nell'antichità era connessa ai riti della rinascita della luce, oltre che ad Agnone si è conservata - in misura minore - anche a Santo Stefano di Sante Marie (L'Aquila) ed ha assunto una diversa valenza legandosi alla festività del Natale.
Agnone è famosa in tutta Italia e in Europa per la presenza dell'antichissima Fonderia Marinelli, che è in perfetta funzione e in piena attività. Le sue origini risalgono al Medioevo, e la fonderia è ricordata per la fabbricazione di campane per edifici di alto rilievo quali la Cattedrale della Beata Vergine del Santo Rosario di Pompei e dell'Abbazia di Montecassino.
Va, però, ricordato che la cittadina molisana custodisce anche altre perle del territorio come il Museo internazionale della campana e fonderia Marinelli, la chiesa parrocchiale di San Francesco e il convento , la chiesa di San Francesco è considerata monumento nazionale, La chiesa di Sant'Emidio, Piazza XX settembre e l’obelisco, lo storico teatro Italo-Argentino e il Belvedere del cardo estremo e la chiesa di San Marco Evangelista
